周圍森林茂密，奇花異卉競(jìng)相斗艷，長(zhǎng)有各種珍貴的藥草，芳香四溢；山泉處處，如明珠璀璨奪目，珍禽異獸出沒(méi)于林間，鳴囀于枝頭。因此，這里歷來(lái)被佛教信徒尊為吉祥寶地。
貢巴寺創(chuàng)建于清光緒十四年（1888年），有僧侶107人。當(dāng)年農(nóng)歷四月十七日，為當(dāng)朝皇帝和皇太后祝壽，舉行了大規(guī)模法事，并在原有丁古扎倉(cāng)的基礎(chǔ)上，擴(kuò)建了參尼扎倉(cāng)、居巴扎倉(cāng)和曼巴扎倉(cāng)。皇帝為該寺頒賜了“當(dāng)今皇帝萬(wàn)歲萬(wàn)萬(wàn)歲”的長(zhǎng)生牌位和“皇太后萬(wàn)歲萬(wàn)萬(wàn)歲”的長(zhǎng)生牌位，以及寺院的匾額，金字、旌表和金銀五千兩，大寺的誥封金冊(cè)等。
當(dāng)年九月，該寺的上下兩院經(jīng)堂竣工，連同十二個(gè)靜修院，舉行了隆重的“為文殊大皇帝祝壽”的活動(dòng)。次年三月，建立了單純的獨(dú)立儀軌，隨之將江車靜修院等十二個(gè)靜僧院合并，時(shí)有大經(jīng)堂、菩薩殿、護(hù)法殿、四個(gè)扎倉(cāng)，成為卓尼境內(nèi)規(guī)模僅次于禪定寺的大寺院。
清末，貢巴寺歸屬夏河拉卜楞寺，從此，由拉卜楞寺任命法臺(tái)，處理教務(wù)。所屬教民和教區(qū)的政務(wù)，仍由卓尼楊土司管理，形成了政教分離的格局。
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